A industria alimentar actuamente, devido à automação dos processos, necessita de um controlo de qualidade ainda mais rigoroso de forma a assegurar a qualidade/segurança dos seus produtos e satisfação dos seus clientes. A nível laboratorial, é necessário verificar a existência de contaminantes, patógenos, fraudes alimentares , alergénicos , entre outros.  Na área da Quimica Analítica a Specanalítica comercializa o equipamento mais sensível no mercado para determinação de contaminantes inorgânicos em alimentos- PQ-MS Elite (da marca Analytik Jena). Na área da biologia Molecular a Specanalitica dispõe de equipamentos para análise in situ dos alimentos e de diversos kits para detecção de patógenos em alimentos , bem como kits para identificação de fraudes alimentares.